Durante sua gestão no Exército, o general Nunes enfrentou ataques de bolsonaristas, que questionavam sua postura diante do governo de Jair Bolsonaro – da mesma forma que outras figuras importantes do Exército, como o comandante Tomás Paiva, sofreram represália. Na época, ele ocupava uma posição no Alto Comando como comandante militar do Nordeste, e sua imagem circulou amplamente por não apoiar atos golpistas após a derrota do então presidente.

Em resposta aos ataques, Nunes escreveu um texto veementemente crítico em um blog do Exército, denunciando a falta de conformidade com a postura legalista e neutra da instituição, além de ataques a colegas e divulgação de informações falsas. Ele destacou a coragem necessária para resistir a pressões políticas.

Durante a gestão de Paiva, Nunes assumiu o cargo no departamento de Educação e Cultura do Exército, sendo sucedido pelo general Francisco Humberto Montenegro Junior. Porém, o general Nunes voltou à mídia recentemente após a prisão do delegado Rivaldo Barbosa, suspeito de envolvimento no assassinato da vereadora Marielle Franco.

Barbosa, nomeado chefe da Polícia Civil no Rio de Janeiro em 2018 durante a gestão de Nunes como secretário de Segurança Pública do estado, foi preso sob suspeita de arquitetar os assassinatos de Marielle e seu motorista, além de obstruir as investigações. A prisão deixou Nunes perplexo, que expressou incredulidade diante do ocorrido.

Em uma entrevista ao jornal O Estado de S. Paulo, quando estava de saída do cargo, Nunes declarou que Marielle Franco (PSOL-RJ), ex-vereadora, foi morta por milicianos por ser um obstáculo à grilagem de terras na zona oeste do Rio.

Atualmente, a Polícia Federal aponta Rivaldo como líder de uma organização criminosa na Polícia Civil, envolvida em diversos crimes, incluindo corrupção, obstrução e tráfico de influência. A atuação da polícia é central na investigação federal, revelando problemas em diferentes administrações.